Jag är nöjd med mitt PCR-resultat även om storleksmarkörerna blivit något otydliga. Brunnarna är laddade på följande sätt sett från vänster till höger.

Neg. Kontroll, Pos. Kontroll, Strlmarkör IX, PCR-amplifikat, Strlmarkör III, Plasmidprep.

Den positiva kontrollen bär två band ett mer distinkt än det andra vilket är den kända LL37-genen som aplifierats genom PCR-reaktionen. Det något mer suddiga bandet bör vara den ursprungliga plasmiden som innehåller insertet LL-37 som utgjort templat i reaktionen.

PCR-amplifikatet från vårt eget prov bildar ett distinkt band i samma höjd på gelen som vår positiva kontroll vilket tyder på att det funnits LL-37 i vår renade plasmidlösning från början. Något längre upp i den fåran återfinns ett litet suddigt band som även det antas vara den större plasmiden som innehåller templatet LL-37 som amplifierats likt den positiva kontrollen. Banden som uppträder på den positiva kontrollen och PCR-amplifikatet liknar varandra så pass mycket i intensitet och position att jag drar slutsatsen att de representerar LL-37 samt oamplifierad plasmid.

För att säkerställa att amplifikatet i mitt PCR-band inte kommer från en carry-over-kontamination tittar jag på min negativa kontroll och ser att det inte finns ett tydligt band som tyder på att någon amplifiering har skett. Det finns en suddig släpande skugga i kontrollen som vandrat längre än prov från de andra brunnarna och det antas vara de primrar som inte hittat något templat att binda till och därmed basparat med andra primrar och bildat primerdimers. Storleksmarkörerna är de band som blivit mest svårtydda men eftersom den positiva kontrollen överensstämmer i vandringssträcka med vårt PCR-amplifikat så bedömmer jag det tillräckligt tillförlitligt för att säga att vi har lyckats rena fram den rekombinanta plasmiden på ett önskvärt sätt.

Plasmidpreparatet är en analys för sig och görs för att undersöka om det förkommer några föroreningar av andra nukleinsyror från värdcellen som plasmiden renats fram från. Kromosomalt DNA som skulle kunna komma från bakteriens stora kromosom som lyserar tillsammans med cellmembranet vid reningsprocessen. DNA-fragment som skulle kunna komama från bakterien skulle synas ganska högt upp  på gelen eftersom den har problem att vandra någon längre sträcka. Vårt prov har inget band uppåt i gelen och jag tolkar det som att det inte finns någon DNA-förorening.

De eventuella RNA-rester som skulle kunna finnas kvar i kolonen efter tvättningarna föregående dag verkar inte heller finnas eftersom vi saknar en svag smear i den undre delen av gelen. Då RNA-fragmenten blir väldigt små skulle de vandra en bra bit mycket längre än de övriga nukleinsyrafragmenten.

Vi har ett starkt band som syns tydligt och det representerar plasmiden som förekommer i supercoilstruktur. Det något svagare bandet ovanför bör symbolisera de plasmider som inte förekommer i supercoilstruktur pga av någon enkelsträngad skada i plasmiden som gjort att den rätat ut sig. Därmed tar den mer plats än de som fortfarande finns i supercoilform och kommer inte vandra lika långt under samma tid. Det är därför inte alltid laddningstätheten som separerar olika bitar i gelen utan även formen på nukleinsyrorna.